Σε μεγάλη κατσαρόλα με νερό που κοχλάζει, βάζουμε το κρέας, τα ολόκληρα κρεμμύδια και τη ρίγανη. Ξαφρίζουμε και συνεχίζουμε το βράσιμο για 2 ώρες. Αν χρειαστεί προσθέτουμε και λίγο ζεστό νερό.
Σε βαθύ τηγάνι σοτάρουμε σε ελαιόλαδο, σε μέτρια φωτιά, τα ψιλοκομμένα κρεμμύδια και ανακατεύουμε συνεχώς μέχρι να μαλακώσουν. Προσθέτουμε το κριθαράκι και το σοτάρουμε για 2 λεπτά, ανακατεύοντας συνεχώς.
Από την κατσαρόλα με το κρέας αφαιρούμε τα κρεμμύδια, τη ρίγανη και τα φύλλα δάφνης.
Σε πήλινη γάστρα ρίχνουμε το κριθαράκι και προσθέτουμε το ζωμό από το κρέας, τις ντομάτες, τον πελτέ, το αλάτι, το πιπέρι και ανακατεύουμε. Στο τέλος προσθέτουμε το κρέας.
Ψήνουμε σε καλά προθερμασμένο φούρνο στους 250οC για 20 λεπτά.Αν χρειαστεί, προσθέτουμε λίγο ζεστό νερό και ανακατεύουμε.
Πέντε λεπτά πριν βγάλουμε το γιουβετσάκι από το φούρνο ρίχνουμε δύο κουταλιές τυρί τσαλαφούτι και ανακατεύουμε.
Το βγάζουμε από το φούρνο, το αφήνουμε 5 λεπτά να αναδυθούν τα αρώματα και σερβίρουμε.