Πλένουμε καλά το κουνέλι, το κόβουμε σε μερίδες και το μαρινάρουμε σε ξύδι για 2 ώρες. Μετά το ξεπλένουμε και το στραγγίζουμε.
Βάζουμε το λάδι στην κατσαρόλα να κάψει και τσιγαρίζουμε το κουνέλι μέχρι να ροδίσει καλά.
Προσθέτουμε το κρεμμύδι και το σκόρδο και συνεχίζουμε το σοτάρισμα. Το σβήνουμε με το κρασί και περιμένουμε 1-2΄ μέχρι να εξατμιστεί.
Προσθέτουμε το μοσχοκάρυδο, το γαρύφαλλο, τη ρίγανη, το θυμάρι, το αλάτι και το πιπέρι.
Ρίχνουμε το χυμό των λεμονιών, ένα ποτήρι ζεστό νερό και το αφήνουμε να σιγοβράσει σε μέτρια φωτιά για περίπου 1 ½ ώρα. Αν κατά τη διάρκεια της βράσης έχει πιει το νερό του, μπορούμε να προσθέσουμε λίγο ακόμη.
Έως ότου βράσει το κουνέλι, σε ένα τηγάνι με λάδι, ψήνουμε τις κομμένες πατάτες έως ότου κάνουν κρούστα και τις βγάζουμε σε ένα σκεύος στην άκρη.
Περίπου 20΄ πριν βγάλουμε το κουνέλι, προσθέτουμε στην κατσαρόλα τις ψημένες πατάτες και κουνάμε κυκλικά την κατσαρόλα για ενσωματωθούν, χωρίς να ανακατέψουμε το φαγητό και το βράζουμε σε σιγανή φωτιά έως ότου βράσουν οι πατάτες και δέσει η σάλτα του.